As polêmicas com Colin Kaepernick continuar e ganharam mais um participante. Jim Harbaugh participou do "Rich Eisen Show" e comentou sobre ele acreditar que Kapernick ainda tem o necessário para ser quarterback titular e até para levar uma franquia ao título, e o fato dele ainda estar sem trabalho na NFL, mesmo que a temporada esteja se aproximando:

"Eu realmente acredito que ele é titular na NFL. Ele ainda está na casa dos 20 anos e teve muito sucesso na NFL como quarterback titular. Todos sabem que eu acredito que ele vai ganhar campeonatos antes de sua carreira terminar."

Quando foi comandado por Harbaugh, Kaepernick viveu o melhor momento de sua carreira, ajudando a levar o San Francisco 49ers para o Super Bowl XLVII, no qual o time perdeu para o Baltimore Ravens por 34 a 31. Essa foi a mesma temporada na qual Kaepernick ganhou a vaga de titular, depois que Alex Smith teve que se afastar dos campos por causa de concussões. Harbaugh também comentou sobre a ética e o comprometimento de seu ex-jogador:

"Ele é muito competidor, muito talentoso, e é muito esforçado. Ele vai ser o primeiro a chegar e o último a sair dos treinamentos. E uma coisa que você pode sempre contar com Colin Kaepernick é que ele sempre vai dizer a verdade. Eu nunca ouvi ele mentir para mim ou para qualquer outra pessoa."

Em 2016, Kaepernick ganhou um prêmio dado pelos 49ers, o Len Eshmont Award. Esse prêmio representa a coragem e a inspiração de Len Eshmont, jogador da franquia em 1946, e é votado pelos jogadores do próprio time. Ele é entregue desde 1957.