Brandon Jacobs ficou marcado por sua passagem no New York Giants, mas em 2012 ele jogou no San Francisco 49ers, e Jim Harbaugh era o técnico principal da equipe. Recentemente Jacobs esteve no programa Tiki and Tierney, da CBS Sports Radio, e falou sobre seu antigo comandante de uma forma surpreendente:

"Jim, eu tinha muito respeito por ele enquanto estava no time. Eu gostei da minha passagem pelos 49ers, mas a gente não se dava muito bem. Eu entendia um pouco mais sobre futebol americano do que eles acreditavam que eu sabia.
Ir para um time no qual não existia conversa sobre rotas em determinadas situações de cobertura era um absurdo. Eles corriam rotas direto para a defesa, os jogadores estavam 'morrendo'. Os jogadores do ataque tinham tamanho e força, e por isso eles ganharam. Vamos falar a verdade. Eles tinham grandes técnicos como assistentes, mas Jim não sabia o que ele estava fazendo. Jim não tinha ideia. Jim chamava slants quando a defesa estava marcando Cover-2 safeties, e estava causando lesões aos jogadores. Ele não sabia nada".

A temporada que Jacobs esteve com o time foi a que terminou com a derrota no Super Bowl XLVII para o Baltimore Ravens, time comandando pelo irmão de Jim, John Harbaugh. A campanha do time naquele ano foi de 11 vitórias, 4 derrotas e 1 empate, mas Jacobs só esteve em campo durante dois jogos, pois teve problemas com lesão e também foi suspenso pelo 49ers por usar as redes sociais para reclamar de sua falta de uso.

Embora Jacobs tenha feito comentários negativos sobre seu Harbaugh, ele causou grande impacto desde que entrou na NFL em 2011. Foram três temporadas seguidas indo até a final da NFC e seu recorde total foi de 44 vitórias, 19 derrotas e 1 empate. Depois da temporada de 2014, a única que os 49ers não foram para os playoffs sob seu comando, Harbaugh trocou a NFC pela NCAA e até hoje treina a University of Michigan.